Η Καρδιοθωρακοχειρουργική Κλινική βρίσκεται σε συνεχή συνεργασία με αρκετές κλινικές και οργανισμούς- εταιρίες τόσο της Ελλάδας όσο και του εξωτερικού. Υπάρχει άμεση συνεργασία με την Καρδιολογική και τις Παθολογικές κλινικές του ΑΧΕΠΑ, καθώς επίσης και με την Καρδιολογική, Πνευμονολογική και Χειρουργική Εταιρία Βορείου Ελλάδος. Στενή συνεργασία υπάρχει και με τους Ειδικούς Αγγειοχειρουργούς του νοσοκομείου ΑΧΕΠΑ για συνδυασμένη θεραπεία παθήσεων της θωρακικής αορτής όπου αυτή απαιτείται. Επιπρόσθετα η κλινική αποτέλεσε και αποτελεί έδρα της Καρδιοχειρουργικής Εταιρίας Ελλάδος επί σειρά ετών. Συγχρόνως, υπάρχει άμεση συνεργασία με Μεγάλα Καρδιοχειρουργικά κέντρα του εξωτερικού.